Los sistemas agroforestales de cacao representan quizá el mejor ejemplo de la sofisticación, delicadeza y fortaleza del conocimiento tradicional en la aplicación de sistemas diversificados de producción de la selva, que aún son utilizados en muchas comunidades del sureste de México y otras partes del trópico americano. Estos constituyen una selva artificial, diseñada a partir de un proceso milenario de observación, experimentación y selección de especies, dirigido a la producción de cacao y otros recursos forestales asociados. Estudios sobre la composición de árboles en plantaciones contemporáneas de cacao a sombra en los Estados de Tabasco y Chiapas muestran que casi una tercera parte de las aproximadamente 600 especies de árboles comunes conocidas en el sureste de México y Centroamérica se presentan en los cacaotales. Adicionalmente, estas selvas pueden fungir como corredores biológicos para que aves, mamíferos, reptiles, anfibios e insectos se trasladen entre manchones de vegetación natural.
El cacao (Theobroma cacao L.) es un árbol de sombra nativo de las selvas lluviosas del trópico americano y de cuyas semillas se produce el chocolate. El cacao se desarrolla en un ecosistema rico en materia orgánica, donde los árboles del dosel superior representan el grupo funcional más importante de la selva, pues aseguran la fertilidad del suelo, influyen en la temperatura, la precipitación y en la cantidad de agua disponible, determinan el tiempo en que se surte dentro de la selva y mantienen las condiciones de humedad para que las plantas se desarrollen de manera adecuada.
Los sistemas agroforestales de cacao están compuestos por especies tolerantes a la sombra que deben reunir características como: nutrir el suelo, ser de rápido crecimiento, ser longevas pero que su tamaño no dañe los árboles de cacao con la caída de ramas, que no alberguen plagas que pudieran transferirse al cacaotal, que sean perennifolias o que su defoliación ocurra durante la temporadas de lluvias para que durante el periodo de sequía proteja las plantas de cacao, entre otras.
Adicionalmente, es importante que las especies escogidas sean útiles para leña, alimento, construcción o uso medicinal. Las y los campesinos saben que una sola especie no puede reunir todas estas características, por lo que seleccionan asociaciones de entre dos y seis especies que mejor cumplan con los propósitos deseados en el dosel superior (da click en la imagen de abajo para ver unos ejemplos). Estas especies también pueden servir como sostén para el establecimiento de cultivos como Pitahaya o Vainilla.